医院存货在发出时要对发出成本进行结转，会计上成本的结转有多种计价方法，不同的计价方法，对医院损益、资产负债表都有着显著的影响，因此在设计软件进行存货管理（通常称为进销存软件）前，必须加强成本计价方式理论研究，努力为用户提供完美的存货管理解决方案。
一般来说，当存货发生实物流转后，也就产生了成本流转。理论上，存货的成本流转额按照会计上按成本计价的原则，应当等同于购入实物的成本额，但在实际工作中，医院单位存货品种繁多，如西药、中成药、草药、医疗耗材、后勤物资等，流转额非常大，成本流转额很难完全匹配实物流转额。因此，在发出存货时，就要按照一定的计价方法来确定发出存货的成本，最终目的使发出存货的成本和期末存货的成本，尽可能接近存货的采购成本，使因采用的成本计价方式的不同而对医院利润造成的影响降到最低，减少对医院正常运营的影响。
基本上，存货发出时有两种成本计价方式，实际成本计价法和计划成本计价法。前者又包括先进先出法、后进先出法、加权平均法、移动加权平均法、个别计价法等五种计价方法，后者包括计划成本法、毛利率法和零售价法。软件工程师在设计存货管理软件前，要结合这几种成本结转方法的管理特点和计算机管理的优势，综合考虑。一般说来，这几种方法在软件设计中都应该提供，医院用户在使用软件时，自行选择适合于本单位使用的成本结转计价方法。
现在市场上相对成熟的存货管理软件，如协力商霸、速达、用友、浪潮等，往往仅提供一种成本结转方法即移动加权平均法。这是一种平均价格，这种管理模式，一般的进销存企业尚可使用。但如果对购入成本相当敏感，对成本核算要求极高的医院，这样的软件就显得不足了，如目前现代企事业管理中广泛流行的成本管理，其对成本极为敏感，如在医院，仓库存储部门要对各医疗科室领用的各种存货成本进行精确计量，因此必须采用成本计价的另一种方法——个别计价法。
因为用户需求的多样化，在开发软件前，就要仔细调研，对会计管理学要有相当理解，这样开发出来的存货管理软件，才既有功能上的完整性，又具有充分的适应性。针对常用的成本结转方法，作一个简单介绍。
⑴先进先出法：先进先出法是先购入的存货先出库，其成本属于实物成本，计算机处理时成本价格应由计算机自动分析获得，其单位成本价格应不具有可修改性，出货时由用户只录入出货数量，不录入成本单价，由计算机自动分析获得成本单价。为此，计算机必须按时间先后顺序良好的记录购货数量及成本额。该方法出货成本是按最早的购货价格确定的，用户不能随意挑选存货价格以影响当期利润，因此其存货成本最接近现行的市场价格，能较好的反映资产负债表存货的价值。
⑵后进先出法：后进先出法是后购入的存货先出库，和先进先出法一样，其成本应由计算机自动分析获得，其单位成本价格应不具有可修改性。为此，计算机必须按时间先后顺序记录购货数量及成本，出货时由用户录入出货数量，不录成本单价，由计算机按照和先进先出法相反的顺序分析获得成本。该方法出货成本是按最近的购货价确定的，用户也不能随意挑选存货计价以影响当期利润，但是因为后期的价格在正常情况下可能较早期高，因此计价成本可能较高，故可使本期利润降低，但该方法符合会计上稳健性的原则。
⑶个别计价法：个别计价法对出货成本进行个别计价，适合于对成本相当敏感的企业，如大型医院，存货部门购入存货后，要由各部门领用，在成本核算较严格的情况下，各部门的领入成本直接和效益奖金挂钩，这时候必须对成本进行个别计价，即必须按照部门需要的产品的市场价格进行计价。在计算机处理上，必须使用户既能录入数量，又能录入成本单价。该方法最接近会计上按成本进行计价的原则，但相对也比较复杂，即使采用计算机，工作量可能也比较大，适应于一般不能互换使用的存货或容易识别、存货品种数量不多、单位价格较高的产品。
⑷加权平均法：是一种全月一次加权平均法，它是根据期初存货结存和本期收入存货的数量和进价成本，于月末一次计算存货的全月加权平均单价，以求得本期发出存货成本和结存存货成本。这种方法必须到月底才能获得成本价格，和计算机即时即得的管理特点相违背，因此没有采用其管理的必要性。
⑸移动加权平均法：这种方法因为其简单性，是计算机软件设计中普遍采用的一种方法。软件工程师在设计存货管理程序时，都采用这种管理方法，他可能不知道这种管理方法的会计学名称，但都采用该方法的管理思路。这种方法，在入库时，计算机增加存货的库存量和库存额，在出库时库存额除以库存量即为单位成本。该方法是手工管理下非常繁琐的一种方法，但在计算机管理下却是程序设计最简单的一种方法，因此所有的软件供应商都把这种
